L’histoire se poursuit au milieu des années 1860. Pendant qu’Honorine Bergeron voit sa mère dépérir sous ses yeux, son ex-fiancé jaloux, Donatien Rompré, lui rend la vie encore plus difficile par ses actions afin de lui faire payer le prix de sa trahison. En parallèle, le réfugié américain John Surratt, qui avait abouti dans la région de Saint-Liboire en voulant se cacher parce que sa tête était mise à prix en lien avec l’assassinat d’Abraham Lincoln, trouve refuge du côté de La Prairie chez un homme veuf, aidé par le curé Boucher. L’idée de s’exiler en Europe pour devenir un zouave pontifical fait surface afin de repartir à zéro. « Mais le destin n’en a pas fini avec John », peut-on lire dans le résumé du roman.

Dans cette série, Josée Ouimet s’est intéressée à la place des femmes à une époque où le rejet de l’autorité clérical était mal vu. Elle explore cette réalité à travers un personnage comme Honorine, de nature indépendante et confortable avec le fait d’être veuve, qui se voit confrontée aux labeurs de la ferme dans son quotidien rural.

L’inconnu du presbytère est la quatrième saga à saveur historique écrite par l’auteure, après La marche des nuages, La faute des autres et Dans le secret des voûtes. Contrairement aux précédentes, la plus récente saga s’est bouclée en deux tomes seulement.